БА.2? ХД? Почему варианты имен снова так сбивают с толку?

БА.2?  ХД?  Почему варианты имен снова так сбивают с толку?

Когда в конце 2020 года варианты коронавируса появились в полную силу, новости внезапно превратились в буквенно-цифровой суп. Помните? Версия для Великобритании, B.1.351, GR/501Y.V3. После этого начального периода хаоса Всемирная организация здравоохранения разработала систему сохранения здравомыслия, которая переименовала эти варианты соответственно в Альфа, Бета и Гамма. И мы пошли по греческому алфавиту, пока не добрались до Омикрона. Система работала.

Однако в последнее время новостной ландшафт после Omicron снова превращается в буквенно-цифровой суп. Подвариант Омикрона под названием ВА.2 сейчас занимает доминирующее положение в мире. ВА.4 и ВА.5 только что были обнаружены. И у изобилия новых рекомбинантов есть имена, которые, кажется, следуют какой-то непостижимой логике: XD (рекомбинант Delta и BA.1), ХЕ (рекомбинант BA.1 и BA.2), XFдругой рекомбинант Delta и BA.1) и так далее, вплоть до XS (рекомбинант дельты и BA.1.1).

Помогло бы, если бы я сказал вам, что имена на самом деле следуют последовательной внутренней логике, что весьма приятно, когда вы прочитали и усвоили все 1800 слов, излагающих правила? Нет? Хорошо, вместо этого я попытаюсь объяснить, откуда взялись правила и почему они до сих пор используются, несмотря на гораздо более простую систему греческих букв ВОЗ.

Еще в марте 2020 года ученые, изучающие эволюцию вирусов, начали отслеживать, как меняется новый коронавирус. Они столкнулись с очень простой коммуникационной проблемой: как назвать новую линию после секвенирования ее генома? «Люди в США называли это одним словом; люди в Европе называли его другим», — говорит Айн О’Тул, научный сотрудник Эдинбургского университета. Поэтому советник О’Тула Эндрю Рэмбо и группа сотрудников придумали систему именования. Его назвали Панго. А О’Тул, который сейчас является председателем комитета по определению происхождения Pango, работал над частью программного обеспечения под названием pangolin, которое позволяло ученым присваивать вероятное имя Pango любому вирусному геному.

(Да, Панго — это насмешливая ссылка на панголинов, которые, как подозревали, сыграли определенную роль в происхождении коронавируса — несколько вычислительных инструментов команды названы в честь животных — и да, это стало сбивать с толку, когда родословная панголинов может использоваться для обозначения либо вирусных линий, обнаруженных у панголинов, либо линий, назначенных инструментом pangolin. Опять же, ученые, разговаривающие между собой, не совсем предвидели, как их жаргон может быть истолкован другими.)

На тот момент еще никто не знал, какую драматическую роль сыграют варианты в пандемии. Ученых в основном интересовало отслеживание линий, чтобы увидеть, как вирус распространяется из страны в страну. А основных линий коронавируса поначалу было всего две: А и В. Поскольку вирус накапливал разные мутации в разных местах по всему миру, ученые использовали систему Панго для обозначения сублиний путем добавления цифр. B.1.1.7, например, является седьмой обнаруженной сублинии B.1.1, которая, в свою очередь, является первой обнаруженной сублинии B.1. Возможно, вы знаете B.1.1.7 лучше как «Альфа». О’Тул вспоминает, как подслушала разговор BBC о «B.1.1.7» на Рождество 2020 года. «Для меня это было очень сюрреалистично», — сказала она мне. «Я помню, как сказал своей сестре: «О, ты знаешь это имя?» И она такая: «Да, это ужасно»».Эти имена были разработаны для ученых, отслеживающих множество различных вариантов. Она сказала, что для широкой публики «мы не подумали, насколько сложно будет отличить B.1.1.7, B.1.351 и B.1.128».

Однако до конца 2020 года широкой публике не нужно было различать разные родословные. Альфа был первым вариантом, который действительно изменил траекторию пандемии. Теперь миру нужна была система, которая отличала бы «эпидемиологически важные варианты» от «вариантов, которые просто существуют». Система греческих букв ВОЗ предназначена для первого, система Pango — для второго.

Такое разделение ответственности сработало довольно хорошо, хотя Omicron немного усложнила ситуацию. Вариант, который ВОЗ первоначально обозначил как Omicron, называется B.1.1.529 под названием Pango. Затем ученые быстро нашли дополнительные подварианты Омикрона, известные вам как BA.1, BA.2 и BA.3. Это связано с тем, что, когда имена становятся слишком длинными в системе номенклатуры Pango, первая часть имени заменяется новой буквой или парой букв, если берутся все отдельные буквы. При описании подвариантов Омикрон следующей доступной парой букв была бакалавр. Итак, вместо B.1.1.529.2 у нас есть BA.2. Случайно мы получили несколько относительно легко запоминающихся названий подвариантов Omicron.

BA.1 и BA.2 вызвали большие последовательные волны в некоторых частях Европы. Эти два подварианта на самом деле весьма отличны друг от друга, почти так же эволюционно расходятся, как Альфа был из Дельты. Но еще в феврале ВОЗ решила, что BA.2 по-прежнему следует считать Omicron, а совсем недавно она решила, что BA.4 и BA.5 тоже должны считаться таковыми. Может ли подвариант омикрон выглядеть и вести себя настолько по-другому, что он действительно должен получить новую греческую букву? Оглядываясь назад, BA.2 попадает в несколько спорную зону: волна BA.2 стала такой же большой, если не больше, чем первоначальная волна BA.1 в некоторых европейских странах, но она пока не выглядит такой драматичной в Европе. США. Существует баланс, сказал О’Тул, между тем, чтобы дать родословной имя как можно скорее, и дать ему имя, когда вы узнаете его эпидемиологическое значение. Чем раньше мы пытаемся обозначать варианты именами из греческих букв, тем меньше мы знаем о том, на что они потенциально способны. ВОЗ также определила множество представляющих интерес вариантов — Epsilon, Eta, Iota и Lambda, и это лишь некоторые из них, — которые не оказали большого эпидемиологического воздействия.

В последние месяцы появилось больше рекомбинантов, и это не случайно. Этот коронавирус, как и другие коронавирусы, всегда был способен к рекомбинации. Но вначале разные линии были настолько похожи друг на друга, что рекомбинация просто означала замену очень похожих последовательностей — другими словами, это не имело большого значения. Однако недавно в некоторых частях мира наблюдалась дельта-волна, за которой следовала волна BA.1, за которой следовала волна BA.2. Высокая коциркуляция нескольких различных родословных означает больший потенциал для рекомбинации. Система Pango с самого начала предвосхищала рекомбинанты, оставляя за собой букву Икс для рекомбинантных линий. Затем вы просто спускаетесь по алфавиту и продолжаете добавлять буквы или цифры, как обычно. ВОЗ отслеживает один рекомбинант, XD, и если какие-либо рекомбинанты начнут увеличивать количество случаев, они тоже могут получить название, состоящее из греческих букв. То, что новые строки со сбивающими с толку именами Pango попадают в новости еще до того, как мы понимаем их важность, отражает действительно необычный уровень интереса СМИ и общественности к мельчайшим деталям вирусной эволюции.

Может показаться, что система именования, следующая за греческим алфавитом, подразумевает линейную последовательность новых вариантов. Но вирусная эволюция больше похожа на наблюдение за веткой и ростом дерева. И вы не знаете, какие ветки станут чахлыми, а какие вырастут длинными и густыми. Вы также не можете знать, какие отдаленные ветви могут слиться друг с другом в рекомбинантную ветвь, которая сама вырастет длинной и густой. Система греческих букв предназначена для выделения наиболее важных ветвей на этом древе вирусной эволюции. Но это не охватывает все — даже близко. Система Панго в настоящее время включает в себя более 2000 родословных, большинство из которых преданы забвению. И, по всей вероятности, большинство буквенно-цифровых названий супов в сегодняшних новостях тоже скоро канут в безвестность. Если нет, что ж, тогда нам всем, вероятно, придется учить новую греческую букву.

.

Оставьте комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован.