Распространение инфекции варианта SARS-CoV-2 Omicron на белохвостых оленей в Нью-Йорке

Study: Detection of SARS-CoV-2 Omicron variant (B.1.1.529) infection of white-tailed deer. Image Credit: Mircea Costina/Shutterstock

В недавнем исследовании, опубликованном в биоRxiv* сервер препринтов, междисциплинарная группа исследователей из Соединенных Штатов (США) обнаружила доказательства воздействия варианта Omicron коронавируса тяжелого острого респираторного синдрома 2 (SARS-CoV-2) на популяцию белохвостого оленя, населяющую Статен-Айленд в Нью-Йорке.

Исследования: Выявление инфекции SARS-CoV-2 Omicron вариант (B.1.1.529) у белохвостых оленей. Изображение предоставлено: Мирча Костина / Shutterstock


Исследования выявили высокую восприимчивость белохвостого оленя (Одокойлеус виргинский) для инфекции SARS-CoV-2 с несколькими сообщениями о распространении SARS-CoV-2 от людей к свободноживущим оленям. Вызывающий озабоченность вариант SARS-CoV-2 B.1.1.529 Omicron (VoC) легко передается людям; однако его способность заражать животных и вызывать распространение инфекции остается проблемой и подробно не документирована.

Это исследование предназначено для понимания эволюционной траектории омикронного варианта SARS-CoV-2 у белохвостых оленей.

Дизайн исследования

В этом исследовании образцы белохвостого оленя были случайно отобраны на Статен-Айленде, штат Нью-Йорк, в период с 12 декабря 2021 г. по 31 января 2022 г. Для обнаружения анти-SARS-CoV-2 был проведен тест на нейтрализацию суррогатного вируса (sVNT). нейтрализующие антитела, а олени с ингибированием >30% считались положительными на вирус.

Непрямой твердофазный иммуноферментный анализ (iELISA) использовали для измерения титров антител против рецептор-связывающего белка (RBD) и белков нуклеокапсида (N) и шипа (S) SARS-CoV-2. Для обнаружения рибонуклеиновой кислоты (РНК) вируса SARS-CoV-2 была проведена полимеразная цепная реакция с обратной транскриптазой (ОТ-ПЦР) на образцах мазков оленей.

Образцы мазков были протестированы с помощью набора TaqPath, который нацелен на ген ORF1 ab (открытая рамка считывания), ген S и ген N SARS-CoV-2 в качестве основного скрининга на вариант Omicron. Полногеномное секвенирование SARS-CoV-2 проводили на тотальной РНК, выделенной из образца мазка, и библиотеки последовательностей готовили в соответствии с протоколом ARTIC Ncov-2019. Геномы SARS-CoV-2 были собраны службой сборки SARS-CoV-2 BV-BRC с использованием конвейера вызова вариантов SARS-CoV-2. Генетические линии и варианты, вызывающие озабоченность (VoC), были обозначены и идентифицированы по версии Pangolin. Однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) идентифицировали с помощью программы анализа vSNP.

Результаты

Исследователи определили предыдущее воздействие SARS-CoV-2 путем отбора проб сыворотки 131 оленя. Большинство выборок были получены от самцов оленей (88,5%) из-за того, что выборка была направлена ​​на самцов с возрастным распределением, склонным к более молодой возрастной группе. Более 62% выборки составили оленята, более 25% — годовалые олени, и только 12% — взрослые особи.

Исследователи заметили, что из 131 образца сыворотки отдельных оленей 14,5% были положительными на воздействие SARS-CoV-2, измеренное в sVNT, с ингибированием вируса в диапазоне от 33,2% до 97% (среднее значение -70,9%). Отмечено, что доля распространенности специфичных к SARS-CoV-2 нейтрализующих антител выше у годовалых (39,4%) по сравнению с олененками и взрослыми особями (4,9% и 12,5% соответственно).

Полногеномное секвенирование четырех положительных образцов RT-PCR подтвердило наличие линии Omicron у белохвостых оленей, которая была доминирующей циркулирующей линией (примерно 90%) у людей в Нью-Йорке в период с декабря 2021 года по январь 2022 года.

Филогенетический анализ показал, что кластеры последовательностей совпадали с последовательностями Omicron у людей в Нью-Йорке и с источниками окружающей среды в Австрии, но весьма отличались от ранее извлеченных изолятов от оленей, живущих на свободе в Огайо, Айове и других 13 штатах США. депонированы в рамках Глобальной инициативы по обмену всеми данными о гриппе (GISAID). Вирусные геномы из образцов 102, 103 и 104, отобранных в одном и том же месте и в одно и то же время, имели 5-6 SNP в соответствии с общим источником инфекции и передачей между отдельными животными. В то время как вирусный геном олененка 2067, отобранный через один день из разных мест, показал 9-12 SNP, отражающих различные источники заражения.

В мультиплексном анализе TaqPath наблюдалась амплификация гена ORF1a/b и падение гена S, что свидетельствует о присутствии Omicron; однако в большинстве образцов наблюдалось необычное выпадение N-гена или сдвиг значения порога цикла (Ct).

Исследователи обнаружили, что у одного годовалого самца с положительным результатом ОТ-ПЦР (номер 2089) был высокий уровень нейтрализующих антител с ингибированием на 78,7%, что свидетельствует о серологической конверсии этих животных после предшествующего контакта с вирусом, но все еще был восприимчив к повторному заражению, поскольку наблюдается у человека.

Вывод

Результаты этого исследования предоставили убедительные доказательства инфекции SARS-CoV-2 Omicron у белохвостых оленей на Статен-Айленде, штат Нью-Йорк.

В исследовании подчеркивается неудовлетворенная насущная потребность во всестороннем надзоре за восприимчивыми видами диких животных, подверженных риску заражения SARS-CoV-2, для понимания сети экологической передачи и для дальнейшей более точной оценки потенциального риска повторного распространения SARS-CoV-2. от людей к животным и от животных к людям. Кроме того, необходимо определить расширяющийся круг хозяев SARS-CoV-2 у животных и в окружающей среде.

* Важное замечание

bioRxiv публикует предварительные научные отчеты, которые не рецензируются экспертами и, следовательно, не должны рассматриваться как окончательные, направляющие клиническую практику/поведение, связанное со здоровьем, или рассматриваться как установленная информация.

.

Оставьте комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован.