Распространенность SARS-CoV-2 в окружающей среде и образцах животных с рынка морепродуктов Хуанань

Распространенность SARS-CoV-2 в окружающей среде и образцах животных с рынка морепродуктов Хуанань

Заражение коронавирусом тяжелого острого респираторного синдрома 2 (SARS-CoV-2), возбудителем продолжающейся пандемии коронавирусной болезни 2019 (COVID-19), может привести к различным клиническим исходам, начиная от бессимптомных случаев и заканчивая тяжелыми инфекциями и даже смертью.

Большинство ранних случаев заражения SARS-CoV-2 было связано с рынком морепродуктов Хуанань (HSM) в Ухане, Китай, где можно было купить различное мясо животных и экзотические морепродукты. Хотя предполагается, что HSM является источником пандемии COVID-19, возможно, что человек занес SARS-CoV-2 на рынок путем передачи от человека к человеку, поскольку ранние случаи COVID-19 не могли быть эпидемиологически связаны с магазин.

Исследования: Наблюдение за SARS-CoV-2 в окружающей среде и образцах животных на рынке морепродуктов Хуанань. Изображение предоставлено: спящая панда / Shutterstock.com

Задний план

Несколько исследований показали, что некоторые из образцов с подозрением на SARS-CoV-2 были обнаружены даже раньше, чем первый случай в Ухане. Фактически, эти отчеты указывают на то, что SARS-CoV-2 мог циркулировать в других регионах.

Хотя считается, что первоначальным источником SARS-CoV-2 были летучие мыши, остается неясным, способствовало ли распространение вируса между летучими мышами и людьми промежуточное животное-хозяин. С этой целью одно исследование показало, что панголины имеют домен связывания рецептора, очень похожий на SARS-CoV-2; однако остается ограниченное количество доказательств, подтверждающих, что панголины определенно были промежуточным хозяином для этого вируса.

Исследователи также ранее задокументировали виды животных в HSM в период с мая 2017 года по ноябрь 2019 года, что продемонстрировало, что в этот период не было торговли ни летучими мышами, ни панголинами. Таким образом, остаются дополнительные вопросы относительно того, был ли HSM первоначальным источником SARS-CoV-2.

Об исследовании

Новое исследование, опубликованное на Площадь исследований * сервер препринтов описывает наблюдение за SARS-CoV-2 в HSM. HSM разделен на восточную и западную зоны, где морепродукты и животные в основном продаются в западной зоне, а домашний скот и мясо — в восточной зоне.

Согласно отчету о продажах, в конце декабря 2019 года животные или продукты животного происхождения продавались в десяти прилавках для животных. Некоторые из проданных животных включали пятнистых оленей, виды птиц, включая кур, уток, фазанов и голубей, а также змей, барсуков, кроликов, бамбуковых крыс, дикобразов, ежей и крокодилов, и это лишь некоторые из них.

В начале января 2020 года рынки были закрыты из-за быстрого распространения SARS-CoV-2. За это время Китайские центры по контролю и профилактике заболеваний (CDC Китая) направили эпидемиологическую группу, которая собрала образцы из окружающей среды и животных из HSM.

Результаты исследования

Ученые проанализировали в общей сложности 1380 образцов из окружающей среды и животных на рынке в начале 2020 года, чтобы обнаружить присутствие SARS-CoV-2 с помощью качественной полимеразной цепной реакции с обратной транскриптазой (RT-qPCR). В целом тест на нуклеиновые кислоты (NAT) показал, что 7,9% образцов были положительными на SARS-CoV-2. Кроме того, исследователи оценили значения порога цикла (Ct) полимеразной цепной реакции (ПЦР) в реальном времени, которые варьировались от 23,9 до 41,7.

Среди образцов окружающей среды, которые были взяты на рынке и вокруг него, семьдесят три образца дали положительный результат на SARS-CoV-2. Из этих образцов также были успешно выделены три живых вируса со значениями Ct менее 30 в NAT.

Высокопроизводительное секвенирование на платформе Miseq было использовано для получения семи полных последовательностей генома SARS-CoV-2. С этой целью вирусы, выделенные из HSM, имели большое сходство с человеческим изолятом HCoV/Wuhan/IVDC-HB-01. Интересно, что SARS-CoV-2 не был обнаружен ни в одном из образцов животных, которые охватывают около восемнадцати видов, продаваемых на рынке.

Деятельность торговцев также была проанализирована по результатам NAT проб окружающей среды. Выборка охватила 19,8% продавцов на рынке, при этом большинство положительных проб на SARS-CoV-2 были связаны с продавцами из западной зоны.

Распространение положительных образцов окружающей среды на рынке морепродуктов Хуанань. О. В качестве места раннего скопления пациентов с COVID-19 рынок морепродуктов Хуанань разделен на восточную и западную зоны улицей Синьхуа. между ними. Для обнаружения наличия РНК SARS-CoV-2 была проведена обратная транскрипция, количественная полимеразная цепная реакция (RT-qPCR). Расположение положительных образцов было отмечено на карте рынка оранжевым цветом, а расположение образцов, из которых были выделены живые вирусы, отмечено красным цветом. На карте также показано расположение киосков, где продавались продукты одомашненной дикой природы. B. Хронология сбора проб окружающей среды и животных на рынке морепродуктов Хуанань и вокруг него.

Хотя некоторые поставщики продавали более одного вида продуктов животного происхождения, между разными поставщиками не наблюдалось существенных различий, включая продукты холодовой цепи. Это указывает на возможность того, что SARS-CoV-2 циркулировал в HSM, особенно в западной зоне, и в конечном итоге привел к широкому распространению этого вируса на рынке. Более того, распространение SARS-CoV-2 могло произойти из-за скопления покупателей и зараженной окружающей среды.

Для анализа потенциального происхождения SARS-CoV-2 был проведен анализ секвенирования РНК с использованием положительных на SARS-CoV-2 образцов окружающей среды. С этой целью нуклеиновые кислоты SARS-CoV-2, выделенные из образцов окружающей среды, показали значительную корреляцию с нуклеиновыми кислотами инфицированных людей. Это открытие убедительно свидетельствует о том, что SARS-CoV-2 мог произойти от человека в HSM, а не от животного источника.

Выводы

РНК SARS-CoV-2 была обнаружена в западной зоне HSM, что подтверждает распространенность этого вируса на рынке. Хотя живые вирусы были выделены из образцов окружающей среды, SARS-CoV-2 не был обнаружен в образцах животных с рынка.

Необходимо проводить постоянное наблюдение за дикими животными с использованием виромичного подхода для немедленного выявления естественных и промежуточных хозяев SARS-CoV-2, что предотвратит дальнейшее распространение вируса.

* Важное замечание

Research Square публикует предварительные научные отчеты, которые не рецензируются экспертами и, следовательно, не должны рассматриваться как окончательные, направляющие клиническую практику/поведение, связанное со здоровьем, или рассматриваться как установленная информация.

.

Оставьте комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован.